Nach ihrem Studium der Germanistik und Anglistik an der Humboldt-Universität zu Berlin, das Petra Boden mit einer Promotion zur Geschichte der Germanistik in der NS-Zeit abgeschlossen hat, war sie ab 1984 wissenschaftliche Mitarbeiterin am Zentralinstitut für Literaturgeschichte an der Akademie der Wissenschaften (DDR).
Neben ihren weiteren Forschungen zur Geschichte der germanistischen Literaturwissenschaft arbeitete Boden dort zur Literaturgeschichte des 19. Jahrhunderts. Nach der Auflösung der Akademie der Wissenschaften (1991) hat Boden ihre Forschungen zur Wissenschaftsgeschichte im neugegründeten Zentrum für Literaturforschung fortgesetzt. Von 2010 bis 2015 war sie mit einem Projekt zur Geschichte der Forschungsgruppe „Poetik und Hermeneutik“ als wissenschaftliche Mitarbeiterin am Deutschen Literaturarchiv in Marbach tätig.
Als wissenschaftliche Mitarbeiterin am Institut für Deutsche Literatur der Humboldt-Universität zu Berlin erforscht Boden gegenwärtig exemplarische Debatten um den epistemischen Status des Erzählens als wissenschaftliche Darstellungsform, die ab Beginn der 1970er Jahre in und zwischen den historisch arbeitenden Geisteswissenschaften stattgefunden haben.
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